Med-O-Med se estructura en torno a la Secretaría Ejecutiva, dependiente de la FUNCI, y a un comité científico.
Med-O-Med funciona mediante un esquema de organización estructurado en torno a una Secretaría Ejecutiva perteneciente a la Fundación de Cultura Islámica (FUNCI) de Madrid.
A su vez, la FUNCI ha configurado un Comité Científico Med-O-Med formado de expertos en conservación de la biodiversidad, cooperación al desarrollo y patrimonio cultural, a título individual, o pertenecientes a los principales organismos que participan en la plataforma. Este Comité Científico contribuye a establecer los principios sobre los que deben basarse el programa y el distintivo Med-O-Med, y sirve como órgano asesor para garantizar la calidad e idoneidad de las actuaciones.
La Secretaría Ejecutiva, por su parte, está formada de un Equipo Técnico que evalúa y aprueba aquellos proyectos que se vayan a realizar bajo el distintivo Med-O-Med, según los criterios establecidos por el Comité Científico del Programa. La Secretaría Ejecutiva se encarga de asegurar la puesta en marcha y el seguimiento del Programa y la ejecución de las acciones.
Es la encargada de informar y coordinar a todos los actores de Med-O-Med en red, y considerar la participación de nuevos miembros, organismos e instituciones de ámbito privado y público.
La Secretaría Ejecutiva coordina así mismo la firma de Convenios Marco con las Instituciones implicadas. También coordina la firma de Acuerdos Específicos para la realización de cada proyecto, entre las distintas partes implicadas, actuando como entidad mediadora con el fin de facilitar el intercambio, en su calidad de experta en diálogo intercultural y trabajo multidisciplinar.
Med-O-Med crece poco a poco. En estos años de existencia ha conseguido la adhesión de varios miembros de especial importancia y relevancia para el desarrollo de la plataforma. Estos son algunos de los más destacados:
BGCI (Botanic Gardens Conservation International). La UNESCO, mediante el Club Unesco Alterité. Silene, que trabaja por la defensa del patrimonio espiritual e inmaterial vinculado a la naturaleza. Serra de Tramuntana de Mallorca, declarada Paisaje cultural por la UNESCO en 2011. También forman parte de Med-O-Med el Palacio de Galiana, en Toledo, y la fundación cultural, Las Rutas del Olivo.
Entre los jardines botánicos de la red de Jardines Botánicos Med-O-Med dsetacan el Jardín Botánico de Fez (Marruecos) y el Jardin d’Essais Botaniques de Rabat (Marruecos). El Real Jardín Botánicode Madrid (España). El Royal Botanic Garden (Jordania). El Jardín Botánico de Córdoba (España). El Jardín Botánico Histórico de Málaga (España). Jardín Botánico de Olarizu, Vitoria-Gasteiz (España). Estación Biológica Torretes Font-Roja, perteneciente a la Universidad de Alicante (España). Jardín Botánico de Sóller, en la isla de Mallorca (España). La Almunya del Sur, en Almería (España). Los doce jardines de la La Red Andaluza de Jardines Botánicos y Micológicos en Espacios Naturales en España (RAJBEN).
También son miembros Med-O-med el Jardín Botánico de la Facultad de Ciencias de Zagreb (Croacia). Jardín Botánico Nezahat Gökyict, Estambul (Turquía). El Jardín Botánico de la Universidad de al-Quds en Jerusalén. El Jardín Coránico, de Doha, en Qatar, entre muchos otros: Red de Jardines Botánicos Med-O-Med
Las Universidades y los centros de Investigación están muy presentes a través no solamente de estos jardines botánicos sino de los numerosos especialistas colaboradores de FUNCI. Entre ellos figuran los siguientes: CSIC (Consejo Superior de Investigaciones Científicas, España); UICN-Med (Unión Internacional por la Conservación de la Naturaleza); INRA (Institut National de la Recherche Agronomique, Marruecos). Universidad de Granada(España). Universidad de Sevilla (España). Universidad de Córdoba (España). Universidad Politécnica de Madrid (España). Universidad Politécnica de Valencia (España). Universidad Notre Dame y American University of Beirut (Líbano). Universidad Cadi Ayyad (Marrakech). Universidad EGE Izmir(Turquía).
Además, Med-O-Med cuenta con miembros internacionales de prestigio, con algunos de los cuales está trabajando en proyectos de cooperación. Son destacables:
La Fondation Mohammed VI pour la Protection de l’Environnement (Marruecos); Bergerie Nationale de Rambouillet (Francia); ICOMOS (International Council on Monuments and Sites).
También pertenece a Med-O-Med el Arab Group for the Protection of Nature (Jordania), la Municipalidad el Doueir (Líbano), la Siryan Environment Association (Siria); Al Shaheen Nurseries, Agriculture & Food Co. (Kuwait); Jardín Nazarí medieval, Ayuntamiento de Vélez de Benaudalla, Granada (España); MEMOLA, Mediterranean Montainous Landscapes; AOFEP, Association Oasis Ferkla pour l’Environnement et le Patrimoine (Marruecos); Habiba Community, Desierto del del Sinaí (Egipto) y Cultura de Oasis, Elche (España). La asociación libanesa Akkar Trail, destinada a la promoción del ecoturismo y la preservación de la biodiversidad del Norte de Líbano, también es un miembro Med-O-Med.
